Hoe regel je e-boekhouden voor webshops in 2025? (+ de beste tools)

De boekhouding doen is voor veel ondernemers geen hobby. Toch is het belangrijk dat je dit goed regelt, zodat je voldoet aan de vereisten van onder andere de Belastingdienst. Met deze tips en boekhoudtools heb je het hele e-boekhouden zomaar door. In dit artikel vind je alles wat belangrijk is om je bedrijf te managen én te laten groeien. 

Wat is e-boekhouden voor kleine bedrijven?

E-boekhouden voor webshops is meer dan het regelen van je btw-aangifte. Het gaat over het bijhouden, meten en organiseren van je zakelijke boekhouding. In de praktijk komt dit neer op het inzicht krijgen van de omzet, bedrijfskosten, de voorraad en de af te dragen belastingen. Met deze tips heb je zomaar grip op je financiën. 

Hoe doe je e-boekhouden in 12 stappen?

1. Open een bankrekening voor kleine bedrijven
2. Kies een boekhoudpakket voor kleine bedrijven
3. Houd de inkomsten en uitgaven bij
4. Optioneel: voeg de salarisadministratie toe
5. Optioneel: houd rekening met invoerrechten
6. Koppel of verwerk inkomende betalingen
7. Draag de btw over de omzet af
8. Onderzoek welke belastingen je moet betalen
9. Bereken de brutomarge van je verkopen
10. Optioneel: vraag financiering aan om te groeien
11. Optioneel: werk samen met een boekhouder
12. Evalueer regelmatig hoe je er (financieel) voor staat

1. Open een bankrekening voor kleine bedrijven

Een aparte zakelijke rekening helpt je om je privé- en bedrijfsfinanciën gescheiden te houden. Dit is belangrijk voor je belastingaangiftes, juridische bescherming en het aanvragen van financiering bij investeerders of kredietverstrekkers.

Start met een zakelijke betaalrekening en kijk of je ook extra spaarrekeningen nodig hebt. Gebruik één rekening om btw apart te zetten en een andere om een percentage van je inkomsten te reserveren voor de inkomstenbelasting (meestal 30-50%). Zo voorkom je onverwachte belastingen aan het einde van het jaar. Wil je liever belasting in termijnen betalen? Vraag dan een voorlopige aanslag aan bij de Belastingdienst om verrassingen te voorkomen.

Als je op krediet wilt inkopen, is een zakelijke creditcard misschien een nuttige optie voor jou. Dit is vooral handig voor het aanschaffen van voorraad, zakelijke reizen of leveranciersbetalingen. Shopify Credit biedt een zakelijke kredietoptie, waarmee je niet alleen flexibel kunt betalen, maar ook Shopify-tegoed kunt opbouwen.

Open een zakelijke bankrekening bij een bank naar keuze. Houd er rekening mee dat je hiervoor een KvK-nummer nodig hebt, als bewijs van inschrijving bij de Kamer van Koophandel.

2. Kies een boekhoudpakket voor kleine bedrijven

E-boekhouden voor webshops is het proces waarin je transacties registreert, categoriseert en verwerkt in je administratie. Je kunt dit zelf doen of uitbesteden, afhankelijk van je budget en ervaring.

Zelf boekhouden

• Gebruik Excel of boekhoudsoftware - begin met een eenvoudige spreadsheet of kies een online boekhoudprogramma. Cloudbased software geeft je altijd en overal toegang tot je administratie;
• Let op webshopfunctionaliteiten - Niet elk boekhoudpakket ondersteunt voorraadbeheer of koppelingen met e-commerceplatforms. Kies een oplossing die geschikt is voor webshops, zoals e-Boekhouden.nl, Moneybird of Exact Online.

Samenwerken met een boekhouder

• Werk samen met een boekhouder via een online boekhoudpakket. Je voert zelf gegevens in, terwijl de boekhouder controleert en advies geeft.

Volledig uitbesteden

• Het inhuren van een boekhouder of accountant is de duurste optie, maar biedt de zekerheid dat je administratie volledig en foutloos wordt bijgehouden. Ideaal voor ondernemers, die hun tijd liever besteden aan het laten groeien van hun webshop.

3. Houd de inkomsten en uitgaven bij

Een nauwkeurige registratie van omzet en kosten is onmisbaar voor een goed financieel overzicht, jouw belastingaangiftes en het onderbouwen van aftrekposten. Dit helpt je inzicht te krijgen in de groei van je webshop en zorgt ervoor dat je voldoet aan de eisen van de Belastingdienst.

Bonnen en facturen bewaren

Je bent verplicht om alle financiële documenten minimaal zeven jaar te bewaren. Dit kan digitaal in je boekhoudsoftware of handmatig in een gestructureerd archief. Zorg ervoor dat je alle relevante verkoopfacturen, bonnetjes en inkoopfacturen bewaart, waaronder:

• Maaltijden en zakelijke bijeenkomsten. Vraag altijd om een bon of factuur bij zakelijke diners. Noteer op de achterkant wie aanwezig was en wat het doel van de bijeenkomst was;
• Zakelijke reizen. Bewaar tickets, hotelovernachtingen en andere reiskosten. Zorg dat je kunt aantonen dat deze kosten zakelijk waren;
• Vervoerskosten. Registreer ritten met de auto of declarabele kosten voor openbaar vervoer, inclusief de bestemming en het zakelijke doel;
• Relatiegeschenken. Houd bonnetjes bij en noteer voor wie het geschenk bedoeld was;
• Kantoorbenodigdheden en thuiswerkkosten. Bewaar facturen van materialen en diensten die je nodig hebt voor je webshop, zoals internet en telefonie.

Privé- en zakelijke kosten scheiden

Werk je vanuit huis en gebruik je internet of telefonie zowel zakelijk als privé? Dan moet je een privécorrectie toepassen. Gebruik je een dienst voor 50% zakelijk en 50% privé, dan mag je slechts de helft van de kosten als zakelijke uitgave boeken. Dit voorkomt fouten bij belastingaangiftes en helpt je administratie kloppend te houden.

4. Optioneel: voeg de salarisadministratie toe

Veel webshops starten als eenmanszaak zonder personeel. Naarmate je bedrijf groeit, kan het nodig zijn om extra hulp in te schakelen. Dit kan door een freelancer in te huren of door werknemers in dienst te nemen.

Werknemers aannemen

Als je personeel in dienst neemt, moet je een salarisadministratie bijhouden. Kies een boekhoudprogramma dat deze functionaliteit ondersteunt, zodat je eenvoudig lonen, belastingen en werkgeverspremies kunt verwerken.

Freelancers inhuren

Werk je liever met freelancers? Zorg er dan voor dat je een duidelijke overeenkomst van opdracht opstelt en dat de freelancer een factuur stuurt voor gewerkte uren of geleverde diensten. Dit voorkomt dat je verantwoordelijk wordt voor werkgeverspremies en biedt juridisch zekerheid over de samenwerking.

5. Optioneel: houd rekening met invoerrechten

Als je producten uit het buitenland importeert voor je webshop, kunnen invoerrechten en andere belastingen van toepassing zijn. Dit geldt vooral bij dropshipping of grootschalige inkoop uit niet-EU-landen.

Belasting en administratie

• Controleer vooraf welke invoerrechten en btw-tarieven gelden voor jouw producten.
• Registreer deze kosten correct in je boekhouding, zodat je financiële overzichten kloppen.
• Houd rekening met douaneprocedures en eventuele vertragingen bij de levering.

Door invoerrechten mee te nemen in je kostprijsberekening voorkom je financiële verrassingen. Daarbij zorg je zo voor een realistisch prijsmodel in je webshop.

6. Koppel of verwerk inkomende betalingen

Zodra de verkopen beginnen, is het van belang dat je betalingen efficiënt verwerkt. Shopify biedt diverse betaalmethoden en integraties met e-boekhoudsystemen, waardoor je transacties automatisch koppelt en administratieve taken minimaliseert.

Koppelen van betaalproviders

• Gebruik een boekhoudprogramma dat je kunt koppelen aan je betaalprovider om betalingen direct te registreren. Dit bespaart tijd en voorkomt invoerfouten.
• Houd rekening met transactiekosten. Externe betaalproviders rekenen vaak per transactie, per maand of per kwartaal. Boek deze kosten correct als ‘bankkosten’ in je administratie.

Door je betalingsverwerking te automatiseren, houd je beter overzicht in je cashflow en bespaar je tijd op handmatige invoer.

7. Draag de btw over de omzet af

Als webshop-eigenaar ben je verplicht btw over je omzet af te dragen. De regels verschillen afhankelijk van waar je klanten zich bevinden en of je verkoopt aan particulieren of bedrijven.

Btw in Nederland

• Het standaardtarief is 21%, met enkele uitzonderingen voor producten en diensten waarop het 9% lage tarief van toepassing is.
• Je berekent btw over je verkopen en draagt deze periodiek af aan de Belastingdienst.

Btw bij verkoop binnen de EU

• Verkoop aan bedrijven (B2B): Je verlegt de btw als de klant een geldig EU-btw-nummer heeft. Dit betekent dat je geen btw berekend en de klant de btw in het eigen land afdraagt.
• Verkoop aan particulieren (B2C): Je rekent de btw van het land van de klant, tenzij je onder de drempel blijft. Voor grootschalige EU-verkopen moet je je registreren voor de One Stop Shop-regeling, waarmee je btw-aangiftes in één keer regelt.

Btw bij verkoop buiten de EU

• Voor leveringen buiten de EU geldt een 0% btw-tarief. Je berekent geen btw, maar moet dit wel correct in je administratie verwerken.

Door je btw goed te registreren, en tijdig af te dragen, voorkom je naheffingen en zorg je voor een correcte boekhouding.

8. Onderzoek welke belastingen je moet betalen

E-boekhouden voor webshops bestaat uit vele handelingen, maar de verschillende soorten belastingen die je moet afdragen zijn het belangrijkst. Dit hangt wel af van je bedrijfsstructuur en de landen waarin je verkoopt.

1. Btw 

• Je draagt btw af over de omzet die je maakt;
• Voor binnenlandse verkopen geldt het 21% of 9% tarief;
• Bij internationale verkopen binnen de EU pas je de btw-verleggingsregeling toe voor B2B-klanten met een btw-nummer;
• Voor B2C-verkoop binnen de EU moet je mogelijk gebruikmaken van de OSS-regeling;
• Voor verkoop buiten de EU geldt het 0% btw-tarief, maar je moet dit correct administreren.

2. Inkomstenbelasting of vennootschapsbelasting

Welke belasting je betaalt, hangt af van je rechtsvorm:

• Eenmanszaak: Je betaalt inkomstenbelasting over de winst uit onderneming. Je kunt mogelijk profiteren van aftrekposten, zoals de zelfstandigenaftrek en startersaftrek.
• BV (besloten vennootschap): Je betaalt vennootschapsbelasting over de winst van je bedrijf. Keer je dividend uit? Dan betaal je hierboven op dividendbelasting en inkomstenbelasting over het uitgekeerde bedrag.

Door op tijd aangifte te doen en je belastingen correct te berekenen, voorkom je naheffingen en houd je grip op je financiële verplichtingen.

9. Bereken de brutomarge van je verkopen

Een gezonde brutomarge is essentieel om je webshop winstgevend te maken. Dit helpt je bij het bepalen van de juiste verkoopprijs en het dekken van vaste kosten.

Wat is de brutomarge?

De brutomarge is het verschil tussen de verkoopprijs van een product en de inkoopkosten, uitgedrukt als percentage van de omzet. Het geeft aan hoeveel je overhoudt, voordat je vaste kosten en andere uitgaven betaalt. 

Hoe bereken je de brutomarge?

Door je marges goed te berekenen en te optimaliseren, zorg je ervoor dat je webshop duurzaam en winstgevend blijft. Er is een speciale formule om de brutomarge te berekenen: brutomarge (%) = (omzet - inkoopkosten) / omzet × 100.

Waarom is de brutomarge belangrijk?

• De brutomarge bepaalt hoeveel je overhoudt om vaste kosten, zoals Shopify-abonnementen, marketing en opslag, te betalen;
• Een hogere marge betekent meer ruimte voor kortingen, aanbiedingen en groei;
• Het helpt je strategische prijsbeslissingen te nemen en je concurrentiepositie te versterken.

10. Optioneel: vraag financiering aan om te groeien

Wil je investeren in voorraad, nieuwe systemen of extra personeel? Een gezonde groei doormaken? Of misschien heb je tijdelijk extra kapitaal nodig voor seizoensgebonden fluctuaties? Een goed bijgehouden administratie helpt je om financiering aan te vragen en je bedrijf strategisch te laten groeien.

Hoe helpt je boekhouding bij financiering?

E-boekhoudsoftware maakt het voor jou eenvoudig om financiële data te exporteren en te delen met banken of investeerders. Belangrijke documenten die financiers beoordelen zijn:

• Balans: overzicht van je bezittingen en schulden.
• Winst- en verliesrekening: laat je omzet en kosten zien.
• Kasstroomoverzicht: geeft inzicht in je liquide middelen.

Financieringsopties voor webshops

• Bankleningen of zakelijke kredieten – geschikt voor langetermijninvesteringen zoals software of apparatuur.
• Shopify Capital – Biedt een flexibel voorschot op basis van je omzet, zodat je kunt investeren zonder traditionele kredietprocedures.
• Microkredieten of investeerders – handig voor kleinere financieringsbehoeften of groeiplannen.

Bereken de ROI van je investering

Voordat je geld leent, bereken je de return on investment (ROI). Vraag jezelf af:

• Hoeveel extra omzet verwacht je door de investering?
• Wat zijn de totale kosten, inclusief rente of aflossingen?
• Hoe lang duurt het voordat je de investering hebt terugverdiend?

Een goed doordachte financiële strategie zorgt ervoor dat je webshop niet alleen groeit, maar ook financieel gezond blijft. En dat is waar e-boekhouden voor webshops om draait natuurlijk!

11. Optioneel: werk samen met een boekhouder

Als e-boekhouden voor webshops te tijdrovend of complex wordt, kan een boekhouder of belastingadviseur je ondersteunen. Dit bespaart tijd en zorgt ervoor dat je administratie altijd up-to-date en belastingtechnisch correct is. Door je boekhouding (deels) uit te besteden, houd je meer tijd over om je webshop verder te laten groeien:

Wat doet een boekhouder?

• Houdt de dagelijkse administratie bij;
• Controleert en categoriseert transacties;
• Beheert debiteuren en crediteuren.

Wat doet een belastingadviseur?

• Bereidt belastingaangiftes voor en dient ze in;
• Zorgt ervoor dat je voldoet aan belastingregels en optimaal gebruikmaakt van aftrekposten;
• Berekent en adviseert over voorlopige belastingbetalingen.

Extra ondersteuning voor groeiende webshops

Bij snelle groei kan een accountant helpen om te voldoen aan financiële standaarden, zoals de GAAP-regels (Generally Accepted Accounting Principles). Dit is vooral nuttig als je investeerders wilt aantrekken of je bedrijfsstructuur wilt uitbreiden.

12. Evalueer regelmatig hoe je er (financieel) voor staat

Een solide boekhouding helpt de groei in je webshop te houden én voorkomt fouten. Begin eenvoudig met een spreadsheet, maar schakel over op boekhoudsoftware, zodra je omzet begint te stijgen. Met slechts enkele tientjes per maand bespaar je veel tijd en krijg je beter inzicht in je cashflow. Wie weet kan je ook stap voor stap taken automatiseren, zodat het nóg eenvoudiger wordt!

Beste boekhoudsoftware voor kleine bedrijven

De juiste boekhoudsoftware helpt je webshop efficiënter te beheren door inkopen, verkopen, kosten en belastingen overzichtelijk te houden. Bovendien koppel je betaalmethoden en werk je eenvoudig samen met een boekhouder. Let bij de keuze van je nieuwe boekhoudsoftware op: 

• Platformintegraties
  Zorg ervoor dat de software koppelt met je e-commerceplatform voor automatische synchronisatie.
• Uitgebreide rapportages
  Kies een tool die inzicht geeft in omzet, uitgaven en voorraadbeheer.
• Btw-aangifte
  Ga voor software die belastingaangifte vereenvoudigt, tijd bespaart en fouten voorkomt.
• Goede klantenservice
  Controleer beoordelingen en test de support om zeker te weten dat je snel hulp krijgt bij vragen.

Er zijn diverse gratis en betaalde boekhoudprogramma’s beschikbaar. Bekijk de Shopify App Store voor boekhoudsoftware die naadloos integreert met jouw webshop:

E-boekhouden.nl

e-Boekhouden.nl is een populair boekhoudprogramma voor webshops en zzp’ers. Het biedt automatische koppelingen met betaalproviders, Shopify en andere e-commerceplatformen. Dit maakt het makkelijk om verkopen en uitgaven direct in de boekhouding te verwerken.

Voordelen:

• Automatische koppeling met Shopify en andere platforms
• Geïntegreerde btw-aangifte
• Gratis proefperiode voor starters
• Onbeperkte facturen en boekingen
• Realtime inzicht in financiën

Moneybird

Moneybird is een gebruiksvriendelijk en compleet boekhoudpakket voor kleine ondernemers. Je beheert er eenvoudig facturen, bonnen en betalingen mee. Dit alles terwijl het systeem automatische koppelingen met banken en webshopsoftware biedt.

Voordelen:

• Gebruiksvriendelijk en geschikt voor e-commerce
• Automatische bankkoppelingen
• Voorraadbeheer mogelijk
• Btw-aangifte direct vanuit het systeem
• Handige mobiele app

Exact Online

Exact Online is een uitgebreide boekhoudoplossing voor groeiende webshops en mkb’ers. Het biedt geavanceerde boekhoudfuncties, voorraadbeheer en integraties met e-commerceplatformen.

Voordelen:

• Volledig geïntegreerd voorraad- en orderbeheer
• Koppelingen met Shopify, Mollie en andere betaalproviders
• Uitgebreide rapportagemogelijkheden
• Geschikt voor zowel kleine als grotere webshops

Visma eAccounting

Visma eAccounting is een cloudgebaseerd boekhoudprogramma dat speciaal is ontworpen voor ondernemers en kleine webshops. Het automatiseert veel boekhoudprocessen, zoals btw-aangiftes en factuurverwerking.

Voordelen:

• Automatische factuurverwerking
• Bankkoppeling voor realtime transacties
• Overzichtelijke rapportages
• Mobiele app voor onderweg

Ken je cijfers om jouw bedrijf te laten groeien

Met de juiste e-boekhoudsoftware houd je grip op je financiën en voorkom je verrassingen. Je hebt altijd en overal inzicht in inkomsten, uitgaven en belastingen. Hierdoor kun je tijdig bijsturen. Door de software te koppelen aan je webshop en betaalproviders automatiseer je transactieverwerking, bespaar je tijd en minimaliseer je fouten. Een goed financieel overzicht helpt je bedrijf efficiënter te laten groeien.